生物信息专业如何自学Perl语言

本文为个人经验所写,希望对初进实验室的新手有所帮助。

  • 生物信息都要学习Perl语言吗?
  • 为什么要学习Perl语言?
  • 如何运行Perl?
  • 有什么教程或者资料可以看?

生物信息都要学习Perl语言吗?

骆驼

首先你要明确一个问题:是不是所有做生物信息的都必须学perl语言?

答案必须是否定的。很多生信学者,通过用别人的软件照样可以做出优秀的文章。那为什么要学perl?

其实建议你不要盲目的去学,先和师兄们交流一下这个科研方向需要用到的编程语言,因为除了perl还有很多优秀的编程语言,如C,Java,Python,MatLab,R等等,不同的科研方向需要的语言也不同。因为初学者嘛,不太了解自己的方向,最好问问师兄。

比如:

如果你做生物软件就需要Java,C,.net
如果你做生物数据库网站就要php,html,Mysql,css,JS等
如果你做想做机器学习且不太追求效率只求简单,学Python,不过说实话现在实验室都不缺钱,各种高配电脑,所以学Python的人多
之后如果你处理文本类数据比较多,那推荐Perl语言

为什么要学习Perl语言?

PerlLogo

为什么要学Perl而不是Python?

那就谈到了Perl的优点了~大家可以在小骆驼书的简介里面看到更详细的描述,我就说说我自己的感触好了,最大的感触就是Perl在处理文本的时候相当快!!

Perl最早被创立就是为了处理文本,我刚开始学Bioinfo的时候用VB写了一个处理基因组的程序,结果估计了一下要跑1个月,之后我学perl,相同的思路perl跑了1小时左右搞定。因为基因信息啊,SNP信息啊,蛋白信息啊什么基本都是纯文本本格式的,所以用perl处理会相当的快。并且现在Perl是做生物信息的通用的语言,各大数据库很多都有Perl的API接口,很方便。接下来我觉得Perl第二个特点就是灵活,在各大平台上都可以跑,因为Perl的程序就是TXT,直接解析就可以执行了,不像C需要编译。最后一个特点就是Perl很简单,我学perl也就是1天半,就写出我们组的主程序。

如何运行Perl?

那接下来我说一下运行平台,理论上大家对于Windows很熟悉,所以就在Win下学perl吧。

如果你本身就接触过Linux那么我建议你在Linux下学习,因为Perl生而为Linux或Unix,几乎所有版本的linux都自带perl,并且重点是perl在linux下运行比Win快,在Linux下perl+shell可以完美的实现你各种文本数据处理的心愿,速度堪比C。

不过,记住,如果你从没有接触过linux,就从windows开始学,不要放下perl去学linux,这样两个都弄不好,从别人身上吸取的经验教训。

首先是需要的软件:

Windows下:
1、	Active Perl
因为windows无法解析perl程序,所以你需要安装这个。这个你在你的XX卫士里面就可以搜索到。

2、	Notepad++(或者其他的文本编辑软件)
这个是一个文本编辑软件,可以用来写程序。别告诉我你想用Word来写perl程序…….我比较喜欢这个,因为轻量,速度快,功能多。
对了,sublim text 3也很不错,程序员都爱用

运行很简单,你右键新建一个叫first.pl的文件,first是文件名你可以随意。

比如写:print “Hello World”;

之后打开cmd,cd切换到你文件的目录,之后直接first.pl就可以运行了

注意:双击不行的,因为会瞬间运行结束,cmd框关闭,啥都看不到

Perl语言运行示范

其他的看下文的资料吧~

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有什么教程或者资料可以看?

1、 看小骆驼

小骆驼 小骆驼书(Perl语言入门)是perl语言初学者必备的书,他语言幽默,让很很容易接受。想想大物吧,想想你们的教科书吧,你就会突然发现这本小骆驼是多么经典。这个如果你觉得太有必要了你就买吧,不过真心不便宜。建议你可以借,实验室很多人都有,电子,版可以问我要。

小骆驼这本书也很厚,怎么看呢?前言啊简介什么,大概看看,比较有意思。重点看第2、3、5、6章,7、8、9的正则表达也很重要,其他章节如果你有兴趣就看吧,主要看看讲什么,用的时候查。 如果你在windows,稍稍注意一下,书上的什么#!/usr/bin/perl这一行你可以忽略了,只用写除这个以外的其他的。写程序最好在根目录下的一个文件夹,比如c:/。文件名命名为.pl,运行的时候打开命令提示符(运行->cmd),之后用cd这个命令切换到程序所在目录,之后直接输入程序名称就可以了。Linux下用perl xx.pl就好了。

这本书看不是最重要的,最最重要的是把他给的例题和习题练习做完,看看他给的答案和脚注,对于程序提高很有帮助。OK,就这样了,岗巴地!

2、看大骆驼作为参考

大骆驼 小骆驼语言很幽默,但是缺点在于程序很简化,也就是小骆驼追求的是简洁方便但是往往讲不清楚原理性问题。所以,遇到问题看看大骆驼,把这个当成字典去看而不是教科书。遍历看完即花费时间又记不住,没用。

3、 其他的就直接搜索吧

常识问题百度一下,学术问题谷歌一下,两个都查不到师兄一下,就OK了。

好了,祝大家学习愉快。

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